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Le plan Ecophyto II appelle à dépasser les limites des solutions actuellement disponibles et génère une demande de connaissances nouvelles et d’innovations techniques et organisationnelles. Il sollicite la recherche au-delà du champ traditionnel de la santé des plantes, dans des disciplines relevant des sciences biologiques, agronomiques, de la santé humaine mais également des sciences humaines, économiques et sociales, afin d’apporter des éclairages nouveaux et de construire des démarches interdisciplinaires.

Le Plan Ecophyto II comporte ainsi un axe « améliorer les connaissances et les outils pour demain et encourager la recherche et l’innovation » dont le pilotage et la mise en œuvre de l’ensemble des actions s’appuie sur un cadre collectif d’orientation, de programmation et d’incitation, le Comité Scientifique d’Orientation « Recherche – Innovation » (CSO R&I). Ce Comité est piloté conjointement par les ministères chargés de l’agriculture et de l’écologie. Cet axe bénéficie pleinement des expériences acquises pendant les 16 années de fonctionnement du programme « Pesticides » du ministère chargé de l’écologie, et des cinq années d’actions du « Groupe Experts Recherche » (GER) du plan Ecophyto I.

L’ensemble des programmes contribuant à satisfaire les objectifs de réduction de l’usage des produits phytopharmaceutiques du plan Ecophyto, qu’ils aient été soutenus sur crédits Ecophyto ou qu’ils aient bénéficié d’autres sources de financement sont recensés dans les articles suivants.